In 1576 wordt Lagos de hoofdstad van de Algarve.
In 1578 vertrekt de 18-jarige koning Dom Sebastião met een enorm leger van 800 schepen en van 18000 soldaten vanuit Lagos om Marokko te veroveren. Hij is goed op zijn overwinning voorbereid, want een kroon met "Koning van Marokko" en 1000 gitaren om hem te bezingen, maken deel uit van zijn uitrusting. Hij en zijn leger worden bij Alcazarquivir echter volledig in de pan gehakt. Slechts 60 Portugezen, die op de schepen waren achtergebleven, keren terug. Op het centrale plein van Lagos herinnert het beeld van deze kind-koning nog aan Dom Sebastião en zijn tocht.
Doordat de koning, de adel en het leger uitgeroeid waren, kon de Spaanse koning Filip II (dezelfde die ook in Nederland de 80-jarige oorlog voerde) gemakkelijk Portugal inlijven. Portugal bleef 60 jaar onder het Spaanse bewind. Vanaf die tijd verliest Lagos geleidelijk aan betekenis.
Een nekslag volgt in 1755 als een grote aardbeving met tsunami de Portugese zuid en westkust (tot en met Lissabon) vernietigt. Twee jaar later wordt Faro, dat minder schade had geleden, de nieuwe hoofdstad van de Algarve.
In 1955 ondergaat Lagos een belangrijke gedaanteverwisseling als de nationale verkeersweg de EN125 wordt aangelegd. Deze moet tussen de binnenstad van Lagos en de haven komen te liggen. Daarvoor wordt een strook van 30 meter land uit water van de haven gewonnen. Inmiddels is dit gedeelte van de EN125 omgetoverd tot boulevard (de Avenida de Descombrimentos, de laan van de ontdekkingsreizen).
In 1974 vindt in Portugal de Anjerrevolutie plaats, waarbij ook Lagos bevrijd wordt van een periode van 50 jaar dictatuur. Met de komst van de democratie wordt een strak ruimtelijk ordeningsbeleid gevoerd, dat gericht is op kwaliteit en kleinschaligheid. Illegale bouwprojecten worden stilgelegd, terwijl nieuwe projecten moeten aansluiten bij de bestaande structuur. Daardoor heeft Lagos veel van zijn oorspronkelijke karakter kunnen blijven behouden.
Rond die tijd doet de interrailkaart in Europa opgang (een manier om goedkoop met de trein te kunnen reizen). Lagos ligt aan het eindpunt van de spoorbaan. En voor veel studenten en hippies die naar het zuid-westen van Europa wilden reizen, vormde Lagos het eindstation. Met de lokale bevolking hebben zij bijgedragen (via muziek, barretjes, kraampjes) aan de ontspannen sfeer in Lagos. Lagos kent overigens nog steeds enkele straatartiesten die uit deze tijd moeten stammen...